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1999年11月、MR-2の後継車として、ミッドシップのフルオープン・2シーターのスポーツカーとしてMR-S（ミッド シップ・ラナバウト・スパイダー）は登場した。先代のMR-2は、足回りの熟成により発売当初よりも乗りやすい車にはなったものの、245psもの出力をミッドシップレイアウトのショートホイールベースパッケージでは、やはり扱い辛い車であった。MR-Sの開発コンセプトは「オープン＆ライトウェイトスポーツ」。誰でも気軽にミッドシップのスポーツカーを楽しめるというコンセプトに基づいて開発された。その上で、2シーターでありながらも3885mmの全長に対し2450mmのロングホイールベースとした。これは先代のMR-2よりも50mm長い。ホイールベースを 長くすれば当然、ヨー慣性ヨーモーメントは増える＝旋回能力が悪くなる。それではミッドシップの意味が薄れてしまうため、MR-Sは車両重量の軽減とオーバーハングを減らし、ヨー慣性モーメントの増加を抑えた。これにより、優れた直進安定性と回頭性を両立したのである。 そして、MR-Sで一番力が入れられたのが軽量化である。 車重はわずか970kg。ロードスター1.8よりも60kg軽く、 先代MR-2よりも平均で300kgも軽い。MR-Sは別段難しいことはしておらず、骨格部材を極シンプルにストレート配置した。軽量化を徹底するためにリアトランク すら潔く諦めたのである。このボディーに組み合わせるエンジンは、可変バルブタイミング機構を採用した軽量の1.8リッターBEAMSエンジン（直４「1ZZ-FE型」）で、最高出力は140ps、最大トルクは17.4Kg-mの標準的なハイメカツインカムだが、 軽量ボディのMR-Sにとっては十分すぎるともいえる水準である。足回りは前がマクファーソンストラット、リアがデュアルリンク式マクファーソンストラット。MR-2から踏襲する４輪ストラットをさらに熟成化したものとなる。

発売当初は5速MTモデルのみの設定だったが、2000年8月にシーケンシャルMT車が追加された。これはクラッチ操作を行わずにシフト操作を可能にするもので、 AT車限定免許でも運転することができる。2002年8月にはトランスミッションをマニュアル、シーケンシャルとも5速から6速に変更し、リヤタイヤのサイズアップ、サスペンションの取り付け剛性の向上などを図った。2005年12月には小改良が行われ、全車にフロントフォグランプのインジケーターを追加したほか、リヤフォグランプ非装 着車はリヤコンビネーションランプ内のブレーキランプとテールランプの配置の変更をした。2007年7月をもってMR-Sは生産終了となり、トヨタが築きあげてきた軽量コンパクトなMRスポーツカーは一旦幕を閉じた。

2002年8月、MR-Sのマイナーチェンジが施された。トランスミッションをマニュアル、シーケンシャルとも5速から6速に変更し、リヤタイヤを15インチから16インチへとサイズアップ。サスペンションの取り付け剛性の向上などを図った。また、丸型のフォグランプを装備したフロントバンパーを装着したモダンデザインとなった。